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lunarsolor (超临界) 于 (Mon Nov 29 20:47:15 2004) 提到:
近期在做beckmann重排反应，其中的机理有一步是H+从氮原子转移到氢原子，我用ChemOffice2002里面的MOPAC优化，要获得这个转移过程的活化能，应该如何进行，请高手指教。
文件见附件
我是做化工的，对计算不在行，还盼望能向您请教
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ghb (ghb@2004) 于 (Tue Nov 30 00:53:01 2004) 提到:
把反应物和产物画出来, 然后猜测过渡态并做优化, 振动分析以及IRC等等,
这是一般的从头算方法.
也可以用分子动力学或蒙特卡洛模拟来研究反应途径
mopac只有几种半经验方法, 能量计算误差太大
【 在 lunarsolor (超临界) 的大作中提到: 】
: 近期在做beckmann重排反应，其中的机理有一步是H+从氮原子转移到氢原子，我用ChemOffice2002里面的MOPAC优化，要获得这个转移过程的活化能，应该如何进行，请高手指教。
: 文件见附件
: 我是做化工的，对计算不在行，还盼望能向您请教
: ...................
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lunarsolor (超临界) 于 (Tue Nov 30 08:31:59 2004) 提到:
H+与氮原子连接时，优化结构Energy minimized，然后给出了Heat if formation，
和氧原子连接时，也可以给出，这两个是稳定态，
目前的问题是，H+和氮氧同时连接的过渡态，如何找到能量的峰值，使用Optimize to transtion state计算，怎么给初始位置呢？
【 在 lunarsolor (超临界) 的大作中提到: 】
: 近期在做beckmann重排反应，其中的机理有一步是H+从氮原子转移到氢原子，我用ChemOffice2002里面的MOPAC优化，要获得这个转移过程的活化能，应该如何进行，请高手指教。
: 文件见附件
: 我是做化工的，对计算不在行，还盼望能向您请教
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ghb (ghb@2004) 于 (Tue Nov 30 08:57:52 2004) 提到:
仅用两个优化, 不能说明它们是稳定态(势能面上的极小点)
何况还是半经验方法
用专业一点的软件(比如gaussian), 选定反应坐标做个势能面扫描先
【 在 lunarsolor (超临界) 的大作中提到: 】
: H+与氮原子连接时，优化结构Energy minimized，然后给出了Heat if formation，
: 和氧原子连接时，也可以给出，这两个是稳定态，
: 目前的问题是，H+和氮氧同时连接的过渡态，如何找到能量的峰值，使用Optimize to transtion state计算，怎么给初始位置呢？
: ...................
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lunarsolor (超临界) 于 (Tue Nov 30 09:12:05 2004) 提到:
总算盼到有高人指点，gaussian我也有，但是不大会用，能否讲详细一些
我是按照文献中的结构画的，如附件所示。两边的结构都可以用能量最小化
可是中间这个结构是怎么确定的呢，他应该是一个鞍点，用什么功能找到这个鞍点呢？
感谢关注，盼指教
【 在 ghb (ghb@2004) 的大作中提到: 】
: 仅用两个优化, 不能说明它们是稳定态(势能面上的极小点)
: 何况还是半经验方法
: 用专业一点的软件(比如gaussian), 选定反应坐标做个势能面扫描先
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ghb (ghb@2004) 于 (Tue Nov 30 09:35:13 2004) 提到:
用gaussian过程大致如下
1. 反应物产物优化, 半经验不太好, 你的体系不算大, 用大点的基组都可以;
2. 势能面扫描, 用opt=modredundant或scan, 得到反应途径上能量相对高的点
3. 用得到的那个点当作TS的近似结构做过渡态优化, opt=TS或opt=qst3, 具体
操作请看说明书或者帮助文件;
4. TS振动(freq)分析, 必须满足有且仅有一个虚频, 对应的振动模式与反应相关
5. 对反应途径进行计算, 用所谓的内秉反应坐标(IRC)
从头到尾方法最好一致
【 在 lunarsolor (超临界) 的大作中提到: 】
: 总算盼到有高人指点，gaussian我也有，但是不大会用，能否讲详细一些
: 我是按照文献中的结构画的，如附件所示。两边的结构都可以用能量最小化
: 可是中间这个结构是怎么确定的呢，他应该是一个鞍点，用什么功能找到这个鞍点呢？
: ...................
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lunarsolor (超临界) 于 (Tue Nov 30 10:08:58 2004) 提到:
还有些疑问，我用的是GaussianView+Gaussian03，在View里建立了初始结构，里面的Job类型有energy,optimazation,Frequency,Opti+Freq,IRC,scan,stability,NMR,BOMD,ADMP
大多数可以顾名思义，这个IRC是怎么回事呀，能否简单说一下？
非常感谢
第5点IRC是怎么回事？
【 在 ghb (ghb@2004) 的大作中提到: 】
: 用gaussian过程大致如下
: 1. 反应物产物优化, 半经验不太好, 你的体系不算大, 用大点的基组都可以;
: 2. 势能面扫描, 用opt=modredundant或scan, 得到反应途径上能量相对高的点
: ...................
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ghb (ghb@2004) 于 (Tue Nov 30 10:47:18 2004) 提到:
IRC: intrinsic reaction coordinate, 内秉反应坐标
是指经历反应物, 过渡态, 产物并与势能面(PES)的等高截面正交的这样一条曲线
(或曰反应途径).
最早是福井谦一提出的: Fukui, K. J. Phys. Chem. 1970, 74, 4161-4163
【 在 lunarsolor (超临界) 的大作中提到: 】
: 还有些疑问，我用的是GaussianView+Gaussian03，在View里建立了初始结构，里面的Job类型有energy,optimazation,Frequency,Opti+Freq,IRC,scan,stability,NMR,BOMD,ADMP
: 大多数可以顾名思义，这个IRC是怎么回事呀，能否简单说一下？
: 非常感谢
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ghb (ghb@2004) 于 (Tue Nov 30 10:53:22 2004) 提到:
G03还没用过呢, BOMD和ADMP这些是新增的吧
不知Gaussian用来做MD怎样
【 在 lunarsolor (超临界) 的大作中提到: 】
: 还有些疑问，我用的是GaussianView+Gaussian03，在View里建立了初始结构，里面的Job类型有energy,optimazation,Frequency,Opti+Freq,IRC,scan,stability,NMR,BOMD,ADMP
: 大多数可以顾名思义，这个IRC是怎么回事呀，能否简单说一下？
: 非常感谢
: ...................
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graveflower (羊肉泡也疯狂) 于 (Tue Nov 30 14:18:30 2004) 提到:
are u talking about condensed phase or just gas phase
I didn't know it's so straigtforward
【 在 ghb (ghb@2004) 的大作中提到: 】
: 用gaussian过程大致如下
: 1. 反应物产物优化, 半经验不太好, 你的体系不算大, 用大点的基组都可以;
: 2. 势能面扫描, 用opt=modredundant或scan, 得到反应途径上能量相对高的点
: ...................
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ghb (ghb@2004) 于 (Tue Nov 30 22:54:27 2004) 提到:
I just talk about TS study by using Gaussian.
generally ab initio method study systems in vacuo or using an implicit
solvent model such as self-consistent reaction field method
to study reactions in condensed phase, or in real solvent environment,
QM/MM MD or MC simulations are powerful tools
【 在 graveflower (羊肉泡也疯狂) 的大作中提到: 】
: are u talking about condensed phase or just gas phase
: I didn't know it's so straigtforward